O cérebro tem um efeito direto sobre o estômago, como o fato de pensarmos em comer pode libertar ácidos no estômago antes das refeições chegarem lá, por exemplo. Em outras palavras, um intestino perturbado pode enviar sinais para o cérebro, tal como o cérebro perturbado pode enviar sinais para o intestino.
Isso ocorre através do sistema nervoso entérico (SNE), que possui seus próprios circuitos neurais, controlando diretamente o sistema digestivo. É no intestino que acontecem etapas importantes da digestão, da absorção de alimentos e a formação do bolo fecal.